Chacun des quatre départements de Bourgogne bénéficie d'actions locales de prospections et de conservation, sans pour autant que les deux soient coordonnées.
L'association des Croqueurs de pommes est très impliquée sur la région. Plusieurs sections réalisent des prospections et quelques-unes d'entre elles gèrent des vergers de collection.
On trouve parmi celles-ci celle d'Auxois-Morvan (150) et Val de Saône en Côte d'Or (148), la section de la Nièvre, le G.R.E.F.F.O.N (152) dans la Nièvre et l'Yonne, la section de Jura-Bresse (146.1) dans le sud-est de la région et l'Ouest de la Franche-Comté et enfin la section du Mâconnais, la Forêt Fruitière(145) aux alentours de Cluny.
Le PNR du Morvan (151) a initié des prospections de pommiers et poiriers principalement sur les 4 départements couverts par le Morvan et implanté un verger de collection, de même que l'Association Sciences et Nature (143) l'a fait dans le Brionnais.
Une seule initiative concerne la châtaigne dans cette zone. Après une étude générale sur l'ensemble de la châtaigneraie du Morvan, le Syndicat des producteurs de marrons (147), le PNR du Morvan et les pépinières Carrias ont entrepris la relance de la production familiale. Le syndicat a également planté un verger expérimental des 2 variétés de châtaigniers les plus présentes sur le Morvan (le rouge et le jaune).
Suite à des prospections réalisées à la fin des années 80 par M. Mucillon de l'INRA de Dijon (149), une dizaine de variétés de pêches blanches de vignes y ont été réunies. Sept d'entre elles ont été utilisées pour la liquorisation, débouché spécifique de cette région. Ces variétés ont également donné lieu à un hybride, Gex, maintenu in vitro à l'INRA. Les autres variétés ont été supprimées des collections l'INRA mais restent en production chez quatre producteurs.
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