Cette région bénéficie de plusieurs collections d'ampleur nationale et quelques structures œuvrant au niveau départemental.
L'INRA d'Angers maintient d'importantes collections de pommier, poirier et cognassier (64.1 et 2) qui ont été dupliquées au CBN alpin de Gap-Charance dans les Hautes Alpes (64.4) afin d'être protégées des attaques de feu bactérien. Les collections de cognassier ont été en majeure partie transférées. Le GEVES à Brion (63) participe au maintien de la collection nationale de fraisier. Ce matériel conservé est utilisé dans des processus de création variétale et sert de référence pour les travaux de caractérisation variétale par étude de la DHS (Distinction Homogénéité Stabilité).
En Vendée, le lycée agricole de Luçon-Pétré (69) héberge le verger de collections des variétés de pommiers et poiriers prospectées en Vendée et sur les départements limitrophes par l'association Verger Conservatoire de Pétré.
Chaque département de cette région bénéficie d'au moins une structure qui gère son patrimoine végétal : la Loire Atlantique par Les Aînés ruraux (61), la Sarthe et le Maine et Loire par les sections de l'Association des Croqueurs de pommes de Maine Perche (68) et du Maine et Loire, ainsi que la Mayenne par la plus ancienne structure répertoriée en France, la Société Pomologique de Mayenne (66).
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